回回医学是中国传统医学与阿拉伯-伊斯兰医学“东西合璧”的产物。当欧洲其他各国尚未脱离神学统治之时，阿拉伯人开始发展科学文化。他们开办大学、建立图书馆，培养了大批人才，阿拉伯文化达到较高水平，在所有科目中，医学是最主要的，也取得了巨大成就。
随着阿拉伯人与邻国的交往，邻国文化随之在阿拉伯诸国渗透，并互相补益，医学上也是如此。伊斯兰教创始人穆罕默德曾说过：“学问远在中国，亦当求之”。中阿于公元651年正式友好往来，医药方面的交往也兴于此时。因此许多阿拉伯学者，特别是一些哲学家不断总结自己民族的医疗实践经验，同时还将其他国家的医学著作译成阿文。如格夫退叶在《哲学家传记》一书中提到：“巴士拉医生马西尔朱卫是哈里发奥马·阿不杜·阿齐兹时代以色列学者，其真名叫马西尔·吉斯，精通医学，在奥马尔时主持翻译爱赫兰·格斯的医学著作，成书于哈里发穆尔时代，他的另两部著作是《食物的力量及益损》和《草药的功能及益损》”。在哈里发奥马尔时代（公元717年至719年）还请精明医生充当教育和医学顾问。倭玛亚王朝的另一个哈里发哈立德·叶其德是第一个将希腊文天文学、医学、化学等专著译成阿拉伯文的人，由于其哲学、文学修养高深，贡献卓著，被阿拉伯后世学者称为贤哲。不言而喻，随文化交流，医学理论的相互补益渗透现象在后世阿拉伯医著中不乏其例，这与中国中医药著作的《海药本草》《千金要方》《本草纲目》等记载阿拉伯医药同属一理，都是历史事实。
早在公元7世纪，阿拉伯一伊斯兰医学曾居世界医学的先进行列，并对西方现代医学有巨大影响。到中世纪，阿拉伯伟大的哲学家、科学家、医学家阿维森纳的足迹遍及伊拉克、波斯、阿塞拜疆、巴基斯坦大片土地。他一生大胆实践，潜心钻研，广征博求，于公元980至1037年著成熔古希腊医学、印度医学、中国医学、阿拉伯医学与哲学于一炉的巨著——《医典》，成为现代医学和阿拉伯医学的奠基人。中世纪阿拉伯医学著作繁多，不少已散失，包括《医典》在内，流传至今尚有400多种。
由于阿拉伯医学广泛吸收希腊医学、罗马医学、印度医学（包括中国医学的脉学在内）的精髓，在漫长的历史过程中逐渐形成了自己的医学体系。其理论核心是“四大物质学说”、“四津学说”。到公元12世纪，伊朗著名医家拉齐斯的医学巨著《综合医学》10卷和阿巴萨德·达维亚的《综合百科全书》问世，更加丰富了阿拉伯医学的治疗学内容。是时阿拉伯医学已成为有理论有丰富经验的古代医学。
中国回回医学的发展，相伴于中阿医药交流。中阿医药交流历史源远流长，最早可追溯到西汉。当时张骞两次出使西域后，中国与西域之交流日益频繁，据史料记载张骞曾到达大宛（即今之中亚费尔干纳）、大月氏（即今之阿富汗北部）、大夏（即今之阿姆河南）、康居（即今之中亚撒马尔罕）等国，并从大月氏经安息（即今之伊朗）直抵大秦（即今之罗马）。张骞的副使曾达身毒国（即今之印度北、盂加拉、巴基斯坦一带）及??宾（即今之克什米尔及巴基斯坦北部），经此路输入中国的物品中有不少药物，据范行准先生统计：矿物药如石硫黄、密陀僧等凡18种，植物药如木香、豆蔻等凡58种，动物药羚羊角及龙涎等凡16种，共计92种。其中相当一部分是阿拉伯地区的药物。这些药物均被当时汉医吸收和应用。
虽然早在西汉时期张骞、甘英先后通使西域，但阿拉伯与中国的正式友好往来则始于唐代，医药方面也兴于此时。
公元651年，第三任哈里发欧斯曼使节于8月25日到达中国长安，进见唐皇，搭起了中阿友谊的桥梁。自此以后阿拉伯等穆斯林主要沿水旱两路往来于中阿之间，水路由波斯湾到马尔纳湾。经盂加拉湾抵马六甲海峡至我国南海达广州、泉州、杭州，再转至长安；陆路则经波斯、阿富汗到新疆天山南北，最后达唐都长安。比较而言，穆斯林经水路达中国的时间要比陆路早100年。从唐永徽二年到唐贞元十五年的148年中，阿拉伯遣唐使多达36次。当时唐人称阿拉伯人为大食（Taz或Tazih的译音）人。唐安史之乱，大食应中国之请求，派精兵支援唐王朝，后一些阿拉伯人即定居中国。据史料记载，在安史之乱到长安有更多大食人，其中大部分长期居住在“西市”一带，从事“回回”奇香异药经营。由于盛唐五代时期，阿拉伯与中国的关系最深的是商业贸易，医药方面则是香药进口，有时一处经营香药珠宝者甚至达一二十万人，单香药贸易有时竟达千斤之多，如此大大丰富了中药品种。到唐末五代时，最负盛名的回回医药家李珣，人称李波斯。他著有一本独具风格的药学著作《海药本草》，顾名思义，该书之所以用“海药”命名，是因其所收录的药物多来自海外。该书为总结唐末时南方药物与海外药物临床应用的本草学著作，有较高的文献学价值。另外还有郑虔的《胡本草》及非医药学书籍《西阳杂俎》等也记载了许多外来药物，包括阿拉伯药物。
在唐代不仅有香药输入中国，与之同时一些医疗技术也传入中国，如在《千金翼方·养性》中所记载的“悖散汤”（又名牛乳补虚破气方），本为波斯、大秦医方，曾在朝野间广为流传，对治疗气痢、一切气病、健运脾胃其效甚佳。从唐代开始，回回先民对香药推广应用颇多贡献，如用香药防治疾病、薰洗衣物、化妆美容、调味食品、祛邪防腐等。同时中国穆斯林研究介绍了大量阿拉伯世界文化成就如数学、天文历法等，而中国的造纸术、针灸学、脉学、炼丹术、临床科学经验也源源不断地输入阿拉伯国家，特别是造纸术辗转外传，给欧洲中世纪文明以很大促进。因此早期的回回先民为中外文化的交流做出了重大贡献，尤其在未有空间传播科技的时代，堪称丰功伟绩。
宋代，中国与西域的陆路交通不如海路发达，在东南沿海一带如广州、泉州、杭州、扬州等地集居了大量的大食人，其中不乏香药巨商与医家，且人数日增。由于海上交通频繁，宋皇特命在广州、杭州、泉州等沿海地设“市舶司”以管理海外贸易及对外文化交流。载入史册的有福建蒲氏家族。《宋会要稿·蕃夷七》记载的蒲寿庚，也是宋代著名香药富商。《蒲氏家谱》有“家居西板”，“世秉清真教，天下蒲氏皆一脉”之记载，蒲氏家族兴盛于宋元，衰落于明清，世袭经商大食香药。
宋代的中阿海外贸易较唐代有很大的发展，贸易品种由唐代的珍宝犀牙为主、香药为辅，渐变为以香药贸易为主。宋太平兴国七年，宋太祖曾下诏令对海外香药香料放通行的有37种，其销路较广的是有医疗作用的香药如丁香、木香、龙脑香、乳香、草豆蔻、沉香、檀香、龙涎香、苏合香油等。由于大量香药的引进，从而大大丰富了中医方药及治疗方法。宋代医方较唐代医方在香药的应用或组方上有明显变化，就《太平圣惠方》而言，仅卷48“诸心痛门”以香药命名的医方有：沉香散3首、沉香丸1首、木香散6首、木香丸6首、丁香丸1首；《圣济总录》卷56“心痛门”以香药命名的医方有木香煮散、木香汤、豆蔻汤、丁香汤、沉香散等31方次，计应用香药8种。《太平惠民和剂局方》是宋代政府和剂局的成药配本，书中以香药命名的医方不下30余种，其中有不少名方，众所周知的苏合香丸、至宝丹、牛黄清心丸等便是。苏合香丸中15味药就有13味是进口药，至今苏合香丸对于中风所致的神志不清、牙关紧闭、半身不遂等重症有明显疗效。其间，大食医家及学者功不可没。
宋代在社会上广用香料、香药薰衣、焚香、啖香之际，礼尚往来亦常以香药作为馈赠佳品，用香药配制的药茶甚至一度成为社会生活中的时尚。皇权贵族之间也视药茶为馈赠佳品。民间百姓们不仅用香药治病，而且也用于消毒。泉州有香料文献记载：“蕃药能治冷气，医学多用之……，泉人每岁家无贫富，皆燃之如燔柴”。现代研究，燃烧香料，对于防止传染病传播和扩散有一定作用。这种习俗，自古至今，不仅在回民中间流行，在闽南地区其他民族中也同样流行。
元代一统天下，将国内民族分为四等，即蒙古人、色目人、汉人及南人。穆斯林则是色目人中的主要分子，他们往往与蒙古人享受同等待遇，无论在法律上或事实上都优于汉人，同时在元代“回回”一名开始代替“大食人”，被人们认为信仰伊斯兰教者的名称。如此则为阿拉伯医药的广泛深入传播与兴盛打下了良好的政治基础，且元人统一中国之后，继续奉行南宋时的海外贸易政策，推行少数民族医药共存的方针，回回医药在此得以兴旺发达。
元初，在元朝政府中设有相应的医药机构。元世祖即位后效法汉制在建立太医院之后，于至元七年（公元1273年）改回回爱薛所立京师医药院为广惠司。据《元史·百官志》说：“广惠司秩正三品，掌修制御用回回药物及和剂，以疗诸宿卫士及在京孤寒者”。至元二十九年（公元1291年）先后在大都、上都建立“回回药物院”；至治二年隶广惠司，定置达鲁花赤一员，大使二员，副使一员。
金元之际，西域技术之士，医家之流多入仕于元，如爱薛、答里麻等。
由于元代统治者对阿拉伯药物高度重视，元代阿拉伯人在当时政府中的医药机构里占极大势力、广惠司是回回医家的大本营。
另外还有一些祖籍西域，生于中国，精通汉、回医药的学者，如元末著名学者丁鹤年，为虔诚的伊斯兰教徒，工儒学，通奥义，精诗律，是一位善兼医术的人。又如元末明初杭州的穆斯林大商人鄂施曼乃的子孙曾设立豪华的私人医院，取名“鄂施曼尼雅”，聘有回回医生从职。陶宗仪《南村辍耕录》所记，不乏不知姓名的回回医官为百姓治病的事例。
金元之际医学文化领域学术活跃，百家争鸣，中医界出现了金元四大学派，回回医药文化此时也发展到鼎盛时期，涌现了与回回药物院有关的、集阿拉伯医药学与中国传统医学为一体，具有中国回回特色的医药大型综合性医著《回回药方》等专著。
下面介绍回回医学中的重要医著，其中三部问世于元代。
《回回药方》（以下简称《药方》）。中国回族医药学大型综合性典籍，未著撰人，红格明抄本，原书36卷，残存4卷，现藏于北京图书馆。全文基本上用汉文记述，并夹杂不少阿拉伯、波斯药物名称术语的原文和音译词汇。现残存卷为：目录卷之下、卷12、卷30、卷34。目录卷下包括卷19至36据目录可见，卷19为咳嗽门，包括众嗽、湿嗽、喘嗽、嗽血、嗽痰、肺经肿嗽、说治咳嗽等类。卷20为胸膈凝聚、胸膈热促、胸弱、胸疼痛、胸奄浊、胸冷湿、胸中生疮、开胸膈等类。卷21为肠风肚腹门，包括肠风、肠中生疮、肠中生虫等。卷22为泻痢门，包括论、方及泻从遍身来的、胃经泄泻、肠经泄泻等类。卷23为呕吐门、痞证门、秘门、劳瘵门、补益门；呕吐门包括呕吐、吐泻、泄泻、止吐、止泻等类；痞证门包括痞证类；秘门包括脏腑不通类、能通小水类；劳瘵门包括劳热、劳虫、劳嗽等类；补益门包括补益类。卷24为众热门、众冷门。众热门包括一切热类；众冷门包括胸膈冷类、胃经冷、一切冷等类。卷25为众气门、众血门、时气斑疹门、疟疾门。众气门包括众气、气不依常度、气喘急等类；众血门包括治吐血、能吐血、下血、止血等类；时气斑疹门包括时气、斑疹等类；疟疾门包括疟疾类。卷26为身体门，包括身体肥瘦、身体疼痛、癍痕花绣、治体气、治生虱、手足等类。卷27为黄病门、蛊症门、积聚门，黄病门包括黄类，蛊症门包括蛊症等类；积聚门包括积聚类。卷28为脚气门、脱肛痔漏门、谷通门。脚气门包括身体疼痛脚气、热肿脚气、冷肿脚气、寒湿脚气、一切脚气等类；脱肛痔漏门包括痔疮、肠风痔漏、痔风、脱肛等类；谷通门包括谷通等类。卷29为杂症门，包括论16条，方189首。卷30为杂症门，载方307首。卷31为妇人众疾门、小儿众疾门。妇人众疾门包括妇人身内动静、乳上症候、怀孕动静、子宫症候、众疾等类；小儿众疾门包括小儿众疾类。卷32为众疮肿肿毒门。包括肿毒、疬疮、恶疮等，卷33为众疮肿毒门、疥癣门。众疮肿毒门包括疥疮、甜疮、疳疮、癞疮、臭疮等类。疥癣门包括疥疮、癣疮、一切疥癣等类。卷34金疮门、折伤门、针灸门、汤火所伤门、棒疮门、治人齿所伤门。金疮门包括刀箭所伤、取箭头刺签等类；折伤门包括伤损、接骨、骨脱出等类；针灸门包括灸各种症候类；汤火所伤门包括汤火所伤类；棒疮门包括棒打伤类；治人齿所伤门包括治人齿咬伤类。卷35为众虫兽伤门、众毒门、辟虫门。众虫兽所伤门包括众虫兽伤类；众毒门包括论及说众毒物、辨验何等毒物所伤、解服药毒、解众虫兽所伤等类；辟虫门包括辟众虫、辟恶物等类。卷36为修合药饵门、修合诸般马准门、众香汤煎门、活物治病门、众花果菜治病门。修合药饵门包括论及制药法，相合药法、比量用药、说造良方。药性期度、药饵分两等类；修合诸般马准门包括论及方87首（均已分见各门）；众香汤煎门包括汤药类；活物治病门包括活物治病类；众花果菜治病门包括众果物类、众菜类、众花物等类。
从上述部分药目录所涉及的病种门类可以看出，《药方》是一部包括内、外、妇、儿、骨伤、皮肤等科，内容丰富的中国回族医学方书。从现存3卷所载方剂看，全书所载可能达，6000～7000首之多。其系统性、综合性不亚于中医古籍《外台秘要》。
《药方》以叙方为主，方论结合，回回药物与传统中药并用。据统计《药方》残卷常用药259种，明显属于海药并注明中文名称者有61种；沿用阿拉伯药名，目前尚不知何药者52种，合计海药为113种，占残卷全部用药的43．6％。其他146种则为传统中药，其中也包括已经华化的海药在内。从《药方》中所载方剂来看，无明显君、臣、佐、使之配伍。据研究，《药方》不仅与阿拉伯医学有根深的渊源关系，而且突出特色，东西合壁。在药物剂型的运用方面，既有中国式的丸、散、膏、汤，又保存有阿拉伯式的芳香挥发药、滴鼻剂、露酒剂、油剂，糖浆剂；有些医方的临床应用如菖蒲煎剂治疗中风等，又是借鉴了中国传统医学经验并和回回医药相结合的一种用法。《药方》有它自己独特的思想体系，反映了成书时代中国回医对疾病认识在理论上已较成熟，这种理论既保存有阿拉伯医学的特征，也有中国传统医学的成份。
《药方》内容之广，涉及临床多科，同时在治疗方法上也较丰富，对有些疾病则采用内外并治。当然《药方》的治法中除了阿拉伯医学的治方经验外，其中也不乏传统中医的治疗方法以及民间验方。值得一提的是许多方法特别是一些外治法及其对骨伤科的论治具备了时代的先进性。如《药方》中对头部外伤的诊断，是根据组织损伤程度划分的，并分别使用不同的方法治疗。对外伤肿胀不退，且并发全身症状者，主张作“十字”切开，排脓引流。对颅骨下脓肿，采用钻孔锯开的开颅方法等，在今天看来尚且合理。
《药方》“折伤门”、“针灸门”之论述较全面。“折伤门”基本上包括了古今骨科的内容，包括了软组织损伤、骨伤及关节脱臼，并从理论上阐述了这些损伤的原因、发生机制、诊断和治疗方法，对一些合并症也作了相应的介绍。从而反映了14世纪时期中国骨伤科诊疗水平发展成就。在今天看来，“折伤门”中许多内容仍有临床实用价值。“针灸门”实为专论灸而罕论针，所论灸法有三种情况，即艾灸、药灸、烙灸，以烙灸法所占篇幅最长，尤为详述，其方法为阿拉伯医学的烧烙法。在书中烙灸法的适应症被分为16等，涉及范围很广，包括了内科、外科、眼科、伤科、皮肤等多种疾病，其病因多与体内恶液有关，具体方法是采用多种器械、烧烙皮肤，令其破损、溃烂、流脓，而不能早用生肌收口之药，必令其脓外流，则体内之恶液因之排出，然后施用生肌收口的药，使之平复。《药方》中灸法虽然以烙灸为主体，也确实带有明显的阿拉伯医学特色，但中医特有的艾灸法在书中出现及烙灸法中出现针灸穴位，这说明《药方》的灸法体现了共同的医学特色。
《海药本草》。作者为唐末五代时的李珣。祖籍波斯，又名李波斯，善诗。曾几代定居长安西市一带，以卖药为生，《海药本草》收药124种，大多数来自波斯等地及南海诸地区，因此为回回医药根基的一部分，对中医学的发展也曾有过作用。有医学专家指出，在唐末五代时在民族医药史上有突出贡献的书籍首推《海药本草》。它还补充了《神农本草》《名医别录》《唐本草》《食疗本草》《本草拾遗》等不足，且纠正了前著的一些错记，丰富了中国药物学，是回回医学的重要基础与典籍。
《饮膳正要》。本书是我国第一部营养学专著，成书于元代天历三年（公元1330年）。作者忽思慧（又作和斯辉），史书无载。从本书序文和进书表来看，是元仁宗时的宫廷饮膳太医，旧说是蒙古族医家。这部书初刊后，明清两代多次翻刻，但因屡遭兵灾，已散佚不多。书中配方多以羊肉为主料，“聚珍异撰”第一方马思答吉汤，《本草纲目·菜部》莳萝条附马思答吉注：“元时饮膳用之，云极香料也。不知何况，故附之。”书中多引用回回豆子、回回葱、回回青、回回小油。许多食品冠以“胡”字，如胡葱、胡麻、胡椒、胡荽等。以胡葱为例，《本草纲目》指出：“元人《饮膳正要》作回回葱，似言自胡地，故曰胡葱耳”。《洛阳伽兰记·城南》记：“狮子者，波斯国胡王所献也”。可见大量配方是信仰伊斯兰教的民族和国家饮食疗法所用。将《饮膳正要》推论为“兼通蒙汉医学”的太医所撰，看来根据不足。
《瑞竹堂经验方》（下称《瑞竹堂方》）。原著在明代中叶后国内已失传，但书中许多内容则散见于国内外许多医药文献，其原序两则及清明两代若干辑佚和抄本，分别在中国和日本有关部门和私家珍藏，作者及成书年代国内外专家争论不一，清乾隆年间修纂的《四库全书》曾将明代《永乐大典》中本书散在内容搜采编辑为5卷24门。集得内、外、妇、儿、眼、齿、调补、美容等科效方170余首。当时“计亡阙已十之五六”，中国中医研究院现藏有清代《抄本瑞竹堂经验方》及仿明刻日刊本《瑞竹堂经验方》，有的专家认为本书作者肯定是回回医家，其名为沙图穆苏·萨谦斋，官至元朝御史兼太守。其成书年代不晚于泰定三年（公元1327年），陈垣先生在其名著《励耕书屋丛刊·元西域人华化考》中早已经将本书作者考证为“华化”了的回回。
清代《抄本瑞竹堂经验方》现亡阙者多，但明刻日刊本可能近《瑞竹堂方》原帙。此日刊本按明刻分15卷，每卷1门，集方300余首，即诸风门、心气痛门、疝气门、积滞门、痰饮门、喘嗽门、滋补门、泻痢门、头面口眼门、耳鼻门、发口门、咽喉门、杂治门、疮肿门、妇女门、儿门。该书用香药较多，书中记载的悬吊水桶淋浴式是回族自古以来独特的卫生传统习惯，另有治急气疼方、治恶疮方、治疔疮方在其方名上标有“海上方”等字样，还有的验方特别强调忌马、驴、猪肉等。
